Обычно диагностика заболевания не составляет трудностей. Выполняется общий анализ мочи в котором присутствуют бактерии, лейкоциты (не менее 5 в поле зрения микроскопа) и нитраты. Если результаты спорные - выполняют анализ суточной мочи по Нечипоренко, нормальным показателем является содержание в моче до 4000 лейкоцитов в 1 мл. Для подбора терапии выполняют посев мочи с определением антибиотикочувствительности. В случае, если инфекции, передаваемые половым путем не были исключены ранее, сдается ДНК диагностика основных инфекций. Для уточнения диагноза может понадобиться УЗИ почек и мочевого пузыря.